Missing coverage evidence...
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GAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGA  >  W3110S.gb/861322‑861383                                                              | gAGGTTGGCAATGCCGCCCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:153845/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGCAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:375874/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGGCTTGCTTGa  >  1:1302998/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:620231/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:2037261/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:2679013/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:2726061/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:361881/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:37697/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:432986/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:2001701/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:63578/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:724642/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:820490/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:822066/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:902329/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:986625/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:2003167/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1004512/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1966003/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1762618/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1674111/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1671189/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1520518/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1489341/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1389584/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:13044/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1167722/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:1105143/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCAGCCTTGCTTGa  >  1:1390323/1‑62 (MQ=255) gAGGTTGGCAATGCCGACCTGCACGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGa  >  1:115835/1‑62 (MQ=255)                                                              | GAGGTTGGCAATGCCGACCTGCAGGCCAGAAACCCAGTCATATTTCGCGCCGCCTTGCTTGA  >  W3110S.gb/861322‑861383

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑