Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1047318	1047379	62	42 [0]	[0] 10	ymcA	conserved hypothetical protein

GCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTT  >  W3110S.gb/1047257‑1047317                                                             | tcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1076391/2‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTTTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1379353/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGTCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1281662/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:511899/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2471729/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2648982/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2685671/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2730502/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2799143/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2858399/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2860169/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:330022/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:40064/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:482046/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2413391/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:76459/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:80617/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:883264/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:901122/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:920899/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:928709/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:931378/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:959523/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1638036/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1172264/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1245340/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1369011/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1446673/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1491728/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1519998/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1599690/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:1630264/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2425120/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:180042/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2028146/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:20634/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2195282/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2222614/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2268532/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2280629/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt  >  1:2291893/1‑61 (MQ=255) gcTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCACAATCCGGtt  >  1:1242541/1‑61 (MQ=255)                                                             | GCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTT  >  W3110S.gb/1047257‑1047317

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑