Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1047945	1047979	35	25 [0]	[0] 12	ymcA	conserved hypothetical protein

CCCATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTC  >  W3110S.gb/1047884‑1047944                                                             | cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:2176479/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:898595/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:552642/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:51960/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:508952/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:506276/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:415261/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:406177/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:2872235/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:2824428/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:274761/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:2735721/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:2371425/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1080662/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:2038582/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1880150/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1657947/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1657109/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1455199/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1284861/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:12763/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1263839/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1222096/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1158987/61‑1 (MQ=255) cccATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTc  <  1:1147580/61‑1 (MQ=255)                                                             | CCCATGCCATCCCGAGGGTGAAATCAAATGGCCCCGCTTGCTTGCTGGCCACCAGATACTC  >  W3110S.gb/1047884‑1047944

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑