Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1135521	1135522	2	18 [0]	[0] 17	flgF	flagellar component of cell‑proximal portion of basal‑body rod

CAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAG  >  W3110S.gb/1135459‑1135520                                                              | cAATGCCTCAACGCCCTGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:1356515/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:1939009/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:814631/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:446451/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:325881/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:315180/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:2811024/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:2347586/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:2330387/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:2258381/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:117829/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:192503/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:1561909/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:1459151/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:1340638/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:1268016/62‑1 (MQ=255) cAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:1240411/62‑1 (MQ=255)  aaTGCCTCAACGCCCGGTGTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAg  <  1:1653854/61‑1 (MQ=255)                                                              | CAATGCCTCAACGCCCGGTTTTCGCGCGCAGTTGAATGCTTTACGCGCGGTGCCAGTGGAAG  >  W3110S.gb/1135459‑1135520

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑