Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1138236	1138240	5	48 [0]	[0] 14	flgI	predicted flagellar basal body protein

TCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCG  >  W3110S.gb/1138175‑1138235                                                             | tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAATGGCg  <  1:1988602/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2781772/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2174556/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2204350/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2221885/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2240615/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2485160/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2566750/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2710860/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2720298/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2737105/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2749915/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1221230/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2870370/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2873299/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:346182/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:480175/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:484101/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:495441/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:590136/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:692083/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:837811/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:928744/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2119321/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:111684/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:128181/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1511911/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1532045/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1541155/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1565074/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1655579/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1729639/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1748865/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1862724/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1927372/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1945421/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2017898/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2042657/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2051371/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2102478/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2108284/61‑1 (MQ=255) tcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2147721/61‑1 (MQ=255)  ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:427959/60‑1 (MQ=255)  ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2112286/60‑1 (MQ=255)  ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1450734/60‑1 (MQ=255)  ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:1336829/60‑1 (MQ=255)  ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:2179722/60‑1 (MQ=255)  ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCg  <  1:934662/60‑1 (MQ=255)                                                             | TCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCG  >  W3110S.gb/1138175‑1138235

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑