Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140648	1140685	38	21 [0]	[0] 27	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

AGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAT  >  W3110S.gb/1140586‑1140647                                                              | aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1859630/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:785209/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:608326/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:2810714/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:2467269/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:2391174/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:2316639/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:2267020/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:2264416/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:2170990/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1905290/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1080081/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1821883/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1791745/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1755935/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1691917/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1615668/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1519899/62‑1 (MQ=255) aGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGAGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1240278/62‑1 (MQ=255)  gATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1165391/61‑1 (MQ=255)                        gTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAt  <  1:1803977/39‑1 (MQ=255)                                                              | AGATTGTTGGTGTAGAAGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAAT  >  W3110S.gb/1140586‑1140647

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑