Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1202347	1202373	27	23 [0]	[0] 23	intE	predicted integrase

TGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAG  >  W3110S.gb/1202285‑1202346                                                              | tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:2281337/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:991855/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:917879/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:889220/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:841578/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:778583/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:609500/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:609014/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:2685683/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:2603703/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:2512306/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:2290000/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:107610/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:2141255/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:2064763/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:1930895/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:1803667/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:1649744/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:1593652/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:1356793/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:1324099/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:1273700/62‑1 (MQ=255) tGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAg  <  1:1141651/62‑1 (MQ=255)                                                              | TGGATGCTTATACCGCCAATAGACTTTATTTACCTTCCTACTATAAAGCGGATATAAGTTAG  >  W3110S.gb/1202285‑1202346

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑