Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1274608	1274623	16	43 [0]	[0] 45	chaC	regulatory protein for cation transport

TGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAT  >  W3110S.gb/1274569‑1274607                                       | tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:488455/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2424240/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2516592/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2602981/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2625925/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2641569/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:268963/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2759563/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2864039/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:34127/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:380959/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1035602/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:491398/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:582866/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:717701/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:743482/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:785025/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:857820/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:861049/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:904773/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:918473/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2129797/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1006003/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1067918/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1074941/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1154257/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:133733/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1393059/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1499459/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1515844/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1683557/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1851121/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1868792/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1936822/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:199504/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2021172/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2023275/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2023383/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2024628/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2399866/39‑1 (MQ=255) tGAATCTGATACTCGCGCTCAGGGCATCGCGCCGTTGAt  <  1:2680511/39‑1 (MQ=255)  gAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:1127661/38‑1 (MQ=255)  gAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAt  <  1:962325/38‑1 (MQ=255)                                       | TGAATCTGATACTCGCGCTCAGGTCATCGCGCCGTTGAT  >  W3110S.gb/1274569‑1274607

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑