Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1291776	1291817	42	20 [1]	[0] 5	rssA/rssB	conserved hypothetical protein/response regulator of RpoS

ACCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGCAA  >  W3110S.gb/1291716‑1291777                                                            |   gccAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1498415/2‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:2163293/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:791225/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:73104/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:566733/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:544054/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:342341/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:2406666/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:2377552/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:2230303/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1065230/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1914506/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1639445/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1559789/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:152996/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1467615/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1349135/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1304839/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGc    >  1:1242536/1‑60 (MQ=255) aCCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGCaa  >  1:582963/1‑62 (MQ=255)                                                            |   ACCAACATTTGACCAGAATTTTTATCTACACTTAAGTTAATTCTGACAGGCGCAGGTGGCAA  >  W3110S.gb/1291716‑1291777

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑