Missing coverage evidence...
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GCTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCGG  >  W3110S.gb/1341706‑1341767                                                              | gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTTGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:2091154/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:602972/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:2630925/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:265953/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:273324/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:2756767/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:377585/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:484838/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:51333/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:2416254/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:772397/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:77714/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:840200/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:845188/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:900967/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:928837/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:993910/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1740609/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1184481/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1205578/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:121692/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1298881/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:146462/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:151472/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1562634/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1627414/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1011087/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1858166/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:1979202/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:216411/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:2198750/62‑1 (MQ=255) gcTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:2205038/62‑1 (MQ=255)  cTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCTATTAACACCACCTGCgg  <  1:1916721/61‑1 (MQ=255)    ggtggcggtggcAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCgg  <  1:2431626/59‑1 (MQ=255)                                                              | GCTGGTGGCGGTGGCAACGTGGCTTGCGCAACGAATTTGTGGGCCATTAACACCACCTGCGG  >  W3110S.gb/1341706‑1341767

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑