Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2076377	2076382	6	20 [0]	[0] 62	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

ACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGT  >  W3110S.gb/2076383‑2076444 |                                                              aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGTTTTcag   >  1:1463571/1‑59 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCg   >  1:1164471/1‑61 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCg   >  1:949443/1‑61 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCg   >  1:1955631/1‑61 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCg   >  1:1413834/1‑61 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2721509/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:321600/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2851170/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2819000/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2788775/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2757663/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:459796/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2720411/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2689877/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2623690/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2538514/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2509190/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2461469/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:335381/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:343345/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2396806/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:551194/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:708901/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:795257/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:801046/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:817129/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:846752/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:875955/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:887911/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:987791/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:994280/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:996623/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1714273/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1084191/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1134061/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1155317/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1210140/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1223172/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1224442/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1237732/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1348355/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1457842/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:151540/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:160977/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1639533/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1651257/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1682016/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2436769/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1819652/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1843417/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1864029/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1879047/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2018715/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2032921/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2118320/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2130109/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2310291/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2341507/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2387323/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:1071510/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACACGTGAGTGCCGGTTTCCGt  >  1:2457863/1‑62 (MQ=255) aCAACGCCGGTTATGTAAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGt  >  1:333914/1‑62 (MQ=255) |                                                              ACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGT  >  W3110S.gb/2076383‑2076444

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑