Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2076513	2076521	9	4 [0]	[0] 7	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

TGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCC  >  W3110S.gb/2076522‑2076583 |                                                              tgtgAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc  <  1:1457177/62‑1 (MQ=255) tgtgAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc  <  1:1888589/62‑1 (MQ=255) tgtgAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc  <  1:20232/62‑1 (MQ=255) tgtgAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc  <  1:2443668/62‑1 (MQ=255) tgtgAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc  <  1:2926486/62‑1 (MQ=255) tgtgAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc  <  1:604999/62‑1 (MQ=255) tgtgAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc  <  1:731072/62‑1 (MQ=255) |                                                              TGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCC  >  W3110S.gb/2076522‑2076583

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑