Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	295994	296011	18	15 [0]	[0] 32	intF	predicted phage integrase

CCGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATG  >  W3110S.gb/296012‑296072 |                                                             ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAg                          >  1:2146126/1‑37 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTTGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:2831533/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCAt   >  1:1650542/1‑60 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:498110/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:2385486/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:2920113/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:292420/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:363672/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:38589/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:2230969/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:517206/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:587618/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:706766/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:780764/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:826883/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:865141/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:939692/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:2334374/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:2071547/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:2031368/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1814453/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1780609/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1475916/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1411614/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1378030/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1293818/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1270137/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1248895/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1075156/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1049155/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1029511/1‑61 (MQ=255) ccGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTT‑CAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATg  >  1:1022771/1‑60 (MQ=255) |                                                             CCGTCTTGCCTCGGCTCTCGCATCATCAATCTTCCAGTCGTTAATGTTGCCAATAGTCATG  >  W3110S.gb/296012‑296072

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑