Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	564496	564509	14	9 [0]	[0] 26	intD	predicted integrase

CGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTT  >  W3110S.gb/564510‑564569 |                                                            cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGtt                     >  1:10601/1‑41 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2436894/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:962941/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:922792/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:661514/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:554213/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:549482/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:431311/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:406564/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2917416/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2758044/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2742881/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2687106/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2438360/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2400494/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2342345/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:231869/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2255679/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2137973/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:2079797/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:1834790/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:1622573/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:1410303/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:1286102/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:1253478/1‑60 (MQ=255) cgCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGtt  >  1:1198243/1‑60 (MQ=255) |                                                            CGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTT  >  W3110S.gb/564510‑564569

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑