Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1134327	1134388	62	11 [0]	[0] 12	flgE	flagellar hook protein

ACGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAT  >  W3110S.gb/1134389‑1134448 |                                                            aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACaa   >  1:2440632/1‑59 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:1441938/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:1539779/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:1946194/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:2254221/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:2263623/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:2396144/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:249146/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:2630120/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:2766993/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:2913356/1‑60 (MQ=255) aCGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAt  >  1:2921872/1‑60 (MQ=255) |                                                            ACGGTTTTTTCCGTCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAAT  >  W3110S.gb/1134389‑1134448

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑