Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140997	1141094	98	9 [0]	[0] 11	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

ACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGTTT  >  W3110S.gb/1141095‑1141157 |                                                               aCTTTTACGGTGACTCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:737294/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:168124/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:2057399/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:2138983/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:2214383/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:2461889/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:358502/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:606525/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:627234/61‑1 (MQ=255) aCTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGt    <  1:977171/61‑1 (MQ=255) aCTTTTA‑GGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGttt  <  1:2089637/62‑1 (MQ=255) |                                                               ACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGCATTTGATGGTCTGGAGTTGACGTTT  >  W3110S.gb/1141095‑1141157

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑