Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1190809	1190836	28	5 [0]	[0] 37	phoQ	sensory histidine kinase in two‑compoent regulatory system with PhoP

ATTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCG  >  W3110S.gb/1190837‑1190898 |                                                              aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATTTCcgcg  >  1:252976/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2616422/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2247812/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2338695/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2392243/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2419005/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:246391/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2522377/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2556109/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2169340/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2722303/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2817761/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:365537/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:512891/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:606244/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:692365/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:724592/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:809049/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:2059731/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1083439/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1148764/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1298980/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1316251/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1362598/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1475634/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:153388/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1551439/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1635895/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1672284/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:168589/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1786493/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1814990/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:197279/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgcg  >  1:1000034/1‑62 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgc   >  1:578393/1‑61 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgc   >  1:129839/1‑61 (MQ=255) aTTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCcgc   >  1:1051374/1‑61 (MQ=255) |                                                              ATTTTGGCATCCGCGATGTTGCCGGGTAGACGTTTACTGCCACCGAGTGGGTCATCTCCGCG  >  W3110S.gb/1190837‑1190898

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑