Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1191966	1192008	43	24 [0]	[0] 25	phoP	DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with PhoQ

CAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATT  >  W3110S.gb/1192009‑1192069 |                                                             caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:240294/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:94164/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:847066/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:831164/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:776718/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:770409/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:596745/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:2861613/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:2762754/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:2616114/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:2588288/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:2437222/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:241677/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:1170449/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:2242690/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:202832/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:2027984/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:2013935/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:1947722/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:1906307/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:1535846/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:1455879/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:1380108/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:123973/61‑1 (MQ=255) caacCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGAtt  <  1:1175505/61‑1 (MQ=255) |                                                             CAACCAGTACGCGCATTTTTATTTCTCCCTGTCTTAATTATTAAAATAGTGTAACGCGATT  >  W3110S.gb/1192009‑1192069

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑