Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1201526	1201552	27	20 [0]	[0] 46	intE	predicted integrase

ACGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGTT  >  W3110S.gb/1201553‑1201588 |                                    aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:402043/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2260834/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2279819/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2294746/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2408456/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2539994/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2558733/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2656437/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2734573/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2791831/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:280210/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2838290/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2250197/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:402275/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:526876/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:575553/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:609551/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:663927/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:68157/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:733565/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:807807/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:900374/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:998575/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1765347/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1232082/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1237660/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1254812/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1266258/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1344167/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1346951/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1470151/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:159831/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1644656/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1722646/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1756225/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1192104/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1774323/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1784671/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1847413/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:1856357/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2019268/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2071293/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2113032/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2122633/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2151862/36‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGtt  <  1:2235650/36‑1 (MQ=255) |                                    ACGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGTT  >  W3110S.gb/1201553‑1201588

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑