Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,724,5470TA74.3% 180.5 / 68.4 101I511I (ATT→ATA) glmSL‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (26/0);  new base A (0/75);  total (26/75)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-24
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

ATTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCG  >  W3110S.gb/3724491‑3724562
                                                        |               
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGa               >  1:1850795/1‑59 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGAt              >  1:180519/1‑60 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:2270561/1‑61 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:1584869/1‑61 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:1673120/1‑61 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:2789831/1‑61 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:1446034/1‑61 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:1230014/1‑61 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:226103/1‑61 (MQ=255)
aTTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:2379717/1‑61 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATg             >  1:1773874/1‑51 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:1324311/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:1581251/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:1661910/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:2826809/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:822915/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:1708576/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:2765061/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:582848/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:608792/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:821887/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:1128666/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:2624862/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:1884398/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCg  >  1:2485410/1‑62 (MQ=255)
          aaGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATAAGCCg  >  1:1471351/1‑62 (MQ=255)
            gacTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:251221/58‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCTAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1024782/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2562020/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:943961/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1006395/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2276969/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2286739/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2360981/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2362968/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2379706/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:827836/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2426701/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2465121/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:785868/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:783746/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:685963/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:67844/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2543817/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2899843/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:65564/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:617247/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2630523/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:587734/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2706208/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2721690/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2750841/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:561685/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:548626/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:505932/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:461730/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:449480/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:366215/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2843536/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1233028/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1581751/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1577114/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1530044/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1491796/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1447122/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1373758/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1366993/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1315191/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1313664/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1652878/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:121494/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1157769/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1141415/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1138831/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1136025/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1087550/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1086715/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1055436/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1027308/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1840041/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2254239/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2220898/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2042063/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1967541/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1893383/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1879284/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1866960/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:2259365/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1827656/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1823427/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1780834/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1767575/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1746357/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1724114/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1711539/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1680903/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1664505/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGAAATGCCg  <  1:1137546/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCCAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1975898/60‑1 (MQ=255)
            gCCTACGCTGCTGGCCAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTGATAGATGCCGATATGCCg  <  1:1979117/60‑1 (MQ=255)
                                                        |               
ATTCACGCTGAAGCCTACGCTGCTGGCGAACTGAAACACGGTCCGCTGGCGCTAATTGATGCCGATATGCCG  >  W3110S.gb/3724491‑3724562

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑