Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,101,2480AG74.5% 156.7 / 55.8 94P226P (CCT→CCC) csgGouter membrane lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/24);  new base G (0/70);  total (0/94)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

AGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGGTGTA  >  W3110S.gb/1101201‑1101265
                                               |                 
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCTAGgt     <  1:2597350/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:2475745/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1503569/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:151153/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1696647/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1846337/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1867123/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1954354/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:2059116/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:2328292/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:2397341/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1070132/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:2631368/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:2632330/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:2633633/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:2867422/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:694655/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:777556/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:923204/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:978538/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:145375/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1438638/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1433344/62‑1 (MQ=255)
aGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGgt     <  1:1099807/62‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGAGATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2737186/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCAGAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:805596/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGATGTGTa  <  1:412430/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGgtgt   <  1:2335262/50‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2767731/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:36367/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:325201/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:302119/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1147058/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2824815/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2821554/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2806923/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:575370/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2747723/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2743850/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2689552/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:263986/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2638532/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1176478/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:517164/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:518858/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1226623/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:659370/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1113104/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:722306/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:789316/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:804428/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:859122/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:862400/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:893721/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:914913/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1098555/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:932885/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:947110/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1038139/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1886569/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:222908/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2164723/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2137524/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2073380/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1276279/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1974426/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1285407/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1943648/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2320479/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1411644/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:179479/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1773013/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1760904/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1703946/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1444254/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1503448/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:244480/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1500505/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2617947/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2610956/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1237946/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2584736/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2577368/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1241322/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1211596/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2436494/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2418224/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2402785/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2399784/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2399351/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1258794/51‑1 (MQ=255)
              tGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:1271653/51‑1 (MQ=255)
                  tCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:747282/47‑1 (MQ=255)
                  tCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACGGGTTCGTTCGAGGTGTa  <  1:2590483/47‑1 (MQ=255)
                                               |                 
AGGAAAATGACCCCTGTTTCGATAGCCGACATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGGTGTA  >  W3110S.gb/1101201‑1101265

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑