Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,713,988	0	G	A	72.7%	61.7 / 26.1	44	intergenic (+116/‑495)	nth/ydgR	DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase/predicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (12/0);  new base A (32/0);  total (44/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

AGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTC  >  W3110S.gb/1713973‑1714044                |                                                         aGGTGATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:608429/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGTTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1402816/1‑61 (MQ=39) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAAt                       >  1:331522/1‑51 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2579341/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1984043/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2014104/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2112639/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2148697/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2150892/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:227587/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2374561/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2439151/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1030199/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:263873/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2657174/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2679045/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:2756391/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:487923/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:979820/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1447964/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1014347/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1173582/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1223278/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1311096/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1316093/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:197911/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1492238/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1544631/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:154771/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1557769/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:164582/1‑61 (MQ=255) aGGTAATCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAttt             >  1:1651855/1‑61 (MQ=255)  ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAAtttt            >  1:2029494/1‑61 (MQ=255)  ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc           >  1:2273677/1‑62 (MQ=255)  ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc           >  1:2405627/1‑62 (MQ=255)  ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc           >  1:2491902/1‑62 (MQ=255)  ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc           >  1:1214389/1‑62 (MQ=255)  ggTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTc           >  1:798816/1‑62 (MQ=255)            ttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGttttttt                          >  1:1243918/1‑37 (MQ=255)            ttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGttttttt                          >  1:2756251/1‑37 (MQ=255)            ttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc  >  1:2170399/1‑61 (MQ=255)            ttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc  >  1:1240060/1‑61 (MQ=255)            ttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc  >  1:1233601/1‑61 (MQ=255)            ttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc  >  1:1897364/1‑61 (MQ=255)                |                                                         AGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTC  >  W3110S.gb/1713973‑1714044

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑