Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,794,225	0	A	T	72.4%	90.3 / 40.8	58	I439I (ATA→ATT)	gabP	gamma‑aminobutyrate transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (16/0);  new base T (42/0);  total (58/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

CAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCT  >  W3110S.gb/2794187‑2794269                                       |                                             cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTgg                                            >  1:1728649/1‑41 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTAcc                               >  1:1594747/1‑54 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCaa                        >  1:1895292/1‑61 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCaa                        >  1:1322349/1‑61 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2333762/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1054568/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2358626/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2378757/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2393078/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:25765/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2601857/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2630228/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2631478/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2716534/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2732002/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2746311/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:279219/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2828609/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2858067/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:344004/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:373636/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:583032/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:58787/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:654048/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:726655/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:728448/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:952009/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:165204/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1049056/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1200138/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1201860/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1298811/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:133285/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1365513/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1418082/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2212153/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1692489/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1803762/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:192304/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:1959622/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:200726/1‑62 (MQ=255) cAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATTGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt                       >  1:2153333/1‑62 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:2675512/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:781740/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:1057088/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:2281541/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:1201544/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:621301/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:1247897/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:1283581/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:372611/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:2135802/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:1968463/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:2800761/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:2718189/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:1785686/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:1803497/1‑61 (MQ=255)                       ccGGCTTATTAGCGATAGGGATAAACTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCt  >  1:223799/1‑61 (MQ=255)                                       |                                             CAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAATTATGGCTCGCTGGAAAAAGCT  >  W3110S.gb/2794187‑2794269

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑