Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,100,348	C→T	T156T (ACC→ACT)	ycdY →	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,100,348	0	C	T	100.0%	142.2 / NA	45	T156T (ACC→ACT)	ycdY	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/45);  total (0/45)

TATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACCACGCCTTT  >  W3110S.gb/1100295‑1100356                                                      |         tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2790801/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2253378/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:233614/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2381113/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2502769/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2552549/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:255482/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2681476/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2709738/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2724765/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1077275/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2808175/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2841849/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:351609/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:431410/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:611767/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:680912/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:718218/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:801332/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:125223/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1297011/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1305129/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1309955/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1338893/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:135108/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1375771/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1523773/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1631916/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1723146/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1057406/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1785483/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1948303/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1954608/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:196213/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2047107/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2165251/62‑1 (MQ=255) tATCTGTTACCCTGGTGTGGTGAGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2414852/62‑1 (MQ=255)  aTCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:937537/61‑1 (MQ=255)  aTCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:867964/61‑1 (MQ=255)  aTCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:660946/61‑1 (MQ=255)  aTCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:1762407/61‑1 (MQ=255)  aTCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2640354/61‑1 (MQ=255)  aTCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2390927/61‑1 (MQ=255)              ggtgtggtgCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:81038/49‑1 (MQ=255)                           ccTTGGCAATGTGGAGGCCCATGCAACTACGCCttt  <  1:2144774/36‑1 (MQ=38)                                                      |         TATCTGTTACCCTGGTGTGGTGCGTTCCTTGGCAAAGTGGAGGCCCATGCAACCACGCCTTT  >  W3110S.gb/1100295‑1100356

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑