| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,104,801 | T→C | N38N (AAT→AAC) | csgA → | cryptic curlin major subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,104,801 | 0 | T | C | 97.1% | 217.3 / ‑2.5 | 69 | N38N (AAT→AAC) | csgA | cryptic curlin major subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (0/67); total (2/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
TTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGT > W3110S.gb/1104752‑1104835 | ttgttCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAAt > 1:1633292/1‑62 (MQ=255)ttgttCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAAt > 1:2128723/1‑62 (MQ=255) gcaaCGACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2090109/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCTGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:573867/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2830016/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2847893/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:281338/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2752724/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2722887/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2709156/58‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |