| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,104,807 | C→T | G40G (GGC→GGT) | csgA → | cryptic curlin major subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,104,807 | 0 | C | T | 97.1% | 205.8 / ‑2.5 | 69 | G40G (GGC→GGT) | csgA | cryptic curlin major subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (0/67); total (2/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
TTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGT > W3110S.gb/1104752‑1104835 | ttgttCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAAt > 1:1633292/1‑62 (MQ=255)ttgttCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAAt > 1:2128723/1‑62 (MQ=255) gcaaCGACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2090109/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCTGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:573867/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2830016/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2847893/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:281338/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2752724/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2722887/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2709156/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2653797/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2632864/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2608904/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2539605/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2472228/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2436056/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2422855/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2419008/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2390777/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:571393/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:970462/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:937419/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:842343/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:761587/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:735561/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:728515/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:65698/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:612154/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2311389/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:551604/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:446978/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:425678/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:393580/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:374398/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:288845/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2885792/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1551253/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1100662/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1174740/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1176953/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1204845/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1244381/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:128293/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1337555/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1344428/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1357283/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1397910/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1429178/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1431012/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1440367/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1460828/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1495301/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1557710/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1100321/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:230202/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2297999/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2297837/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2277221/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2212612/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:206594/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1969000/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1807009/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1805666/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1590591/58‑1 (MQ=255) gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2334961/58‑1 (MQ=255) caaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1851382/58‑1 (MQ=255) aCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:2080639/57‑1 (MQ=255) cACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt < 1:1157135/55‑1 (MQ=255) ggtggtGGCGGTAATTACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTAGCAGt < 1:2630975/52‑1 (MQ=255) | TTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGT > W3110S.gb/1104752‑1104835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |