Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,358,900	G→A	intergenic (‑76/+237)	sapA ← / ← ymjA	predicted antimicrobial peptide transporter subunit/hypothetical protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,358,900	0	G	A	93.5%	182.1 / 2.2	62	intergenic (‑76/+237)	sapA/ymjA	predicted antimicrobial peptide transporter subunit/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (4/0);  new base A (0/58);  total (4/58)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-06
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01

ATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTC  >  W3110S.gb/1358882‑1358945                   |                                              aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:2913059/62‑1 (MQ=255) aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:2470405/62‑1 (MQ=255) aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:2480625/62‑1 (MQ=255) aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:110737/62‑1 (MQ=255) aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:2570418/62‑1 (MQ=255) aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:2575747/62‑1 (MQ=255) aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:259346/62‑1 (MQ=255) aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:2638747/62‑1 (MQ=255) aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg    <  1:2680874/62‑1 (MQ=255) 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   aCCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACa           >  1:852200/1‑52 (MQ=255)    aCCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTc  >  1:2628804/1‑61 (MQ=255)    aCCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTc  >  1:466154/1‑61 (MQ=255)                   |                                              ATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTC  >  W3110S.gb/1358882‑1358945

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑