Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,552,600 G→T G142G (GGG→GGT)  fdnH → formate dehydrogenase‑N, Fe‑S (beta) subunit, nitrate‑inducible

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,552,6000GT98.0% 154.7 / ‑3.6 50G142G (GGG→GGT) fdnHformate dehydrogenase‑N, Fe‑S (beta) subunit, nitrate‑inducible
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (1/0);  new base T (0/49);  total (1/49)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01

CTGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGGTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAAGAGG  >  W3110S.gb/1552570‑1552634
                              |                                  
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 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTGCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:2106395/61‑1 (MQ=255)
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 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:1308490/61‑1 (MQ=255)
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 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:1510446/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:1540588/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:1895536/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:2607416/61‑1 (MQ=255)
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 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:2049529/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:2083746/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:2162128/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:2253663/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:1058477/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:2542618/61‑1 (MQ=255)
 tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCACCTCAACAAag     <  1:1409059/61‑1 (MQ=255)
    aTCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGGTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAAGAgg  >  1:2567148/1‑61 (MQ=255)
                  cTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag     <  1:2231237/44‑1 (MQ=255)
                              |                                  
CTGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGGTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAAGAGG  >  W3110S.gb/1552570‑1552634

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑