Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,782,627 T→C A171A (GCT→GCC)  ydiR → predicted electron transfer flavoprotein, FAD‑binding

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,782,6270TC79.4% 64.8 / 11.3 34A171A (GCT→GCC) ydiRpredicted electron transfer flavoprotein, FAD‑binding
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (7/0);  new base C (0/27);  total (7/27)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAA  >  W3110S.gb/1782576‑1782654
                                                   |                           
taCCCGTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2322948/57‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:970899/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:1019068/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:832814/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:643912/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2887260/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2863521/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2688080/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2676224/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2617209/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2524113/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:23382/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2311912/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2301950/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:1401553/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:1074655/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:1154338/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:1374045/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:1407531/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:1520807/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:1746147/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2074534/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2242042/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2247683/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2255401/53‑1 (MQ=255)
    cgTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:228216/53‑1 (MQ=255)
     gTGATATCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCCCCGCGt                       <  1:2900104/53‑1 (MQ=255)
                 atcaGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGaa  >  1:2300431/1‑62 (MQ=255)
                 atcaGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGaa  >  1:549282/1‑62 (MQ=255)
                 atcaGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGaa  >  1:597945/1‑62 (MQ=255)
                 atcaGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGaa  >  1:645368/1‑62 (MQ=255)
                 atcaGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGaa  >  1:738989/1‑62 (MQ=255)
                 atcaGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGaa  >  1:826323/1‑62 (MQ=255)
                 atcaGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCAGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGaa  >  1:1832884/1‑62 (MQ=255)
                                                   |                           
CACCAGTGATACCTCTCATCAGTGCCCGACAGAAACGGTACCTTATGTTGCTCCGCGTCATGAAATTCTCTGTCGCGAA  >  W3110S.gb/1782576‑1782654

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑