| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,060,763 | A→C | L407L (CTT→CTG) | yeeO ← | predicted multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,060,763 | 0 | A | C | 79.1% | 221.7 / 41.1 | 92 | L407L (CTT→CTG) | yeeO | predicted multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/15); new base C (72/0); total (77/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
AAAGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGCCGCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGC > W3110S.gb/2060718‑2060808 | aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:2158489/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:2864633/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:2900015/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:2927564/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:364665/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:1930143/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:276205/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:1656761/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:582319/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:207370/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:2609336/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:1083855/62‑1 (MQ=255)aaaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:2495698/62‑1 (MQ=255) aaGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:1276212/61‑1 (MQ=255) aGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGcc < 1:79131/60‑1 (MQ=255) gggAGCCGTTAGCCAGGCGCTGGCCGTTAATCCAAGAGTGGACAGCCAGAACACATGCCGCa > 1:66424/1‑62 (MQ=255) gggAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGACAGc > 1:676209/1‑46 (MQ=255) gggAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGACAGCCAg > 1:1778398/1‑49 (MQ=255) gggAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGACAGCCAGaa > 1:242348/1‑51 (MQ=255) gggAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGACAGCCAGAACACATGCCgga > 1:553119/1‑60 (MQ=255) gggAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGACAGCCAGAACACATGCCGc > 1:1694722/1‑61 (MQ=255) gggAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGACAGCCAGAACACATGCCGCa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |