| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,977,685 | C→A | A3A (GCC→GCA) | lysR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,977,685 | 0 | C | A | 83.7% | 173.3 / 37.8 | 86 | A3A (GCC→GCA) | lysR | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/14); new base A (72/0); total (72/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
ATGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCCGTTAACTTACGTCATATTGAAATTTTTCATGCGGTAATGACCGCCGGAAG > W3110S.gb/2977648‑2977735 | atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGGAGTTaa > 1:1936176/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:266858/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2907750/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2873350/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2866264/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:285791/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2792234/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2790524/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2702452/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2683303/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2675221/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:327881/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2619429/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2608483/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2588979/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2559072/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2501302/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2326191/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:1003852/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2315175/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:2288455/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:656715/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:9694/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:954714/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:937023/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:905895/1‑43 (MQ=255)atGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCAGTTaa > 1:905590/1‑43 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(MQ=255) cTAATGGCCGCCGTTAACTTACGTCATATTGAAATTTTTCATGCGGTAATGACCGCCGGAAg < 1:1092015/62‑1 (MQ=255) cTAATGGCCGCCGTTAACTTACGTCATATTGAAATTTTTCATGCGGTAATGACCGCCGGAAg < 1:42309/62‑1 (MQ=255) cTAATGGCCGCCGTTAACTTACGTCATATTGAAATTTTTCATGCGGTAATGACCGCCGGAAg < 1:159649/62‑1 (MQ=255) tAATGGCCGCCGTTAACTTACGTCATATTGAAATTTTTCATGCGGTAATGACCGCCGGAAg < 1:413709/61‑1 (MQ=255) tAATGGCCGCCGTTAACTTACGTCATATTGAAATTTTTCATGCGGTAATGACCGCCGGAAg < 1:2683161/61‑1 (MQ=255) | ATGGATTACCGGATTGCGAGAGAGCGCTAATGGCCGCCGTTAACTTACGTCATATTGAAATTTTTCATGCGGTAATGACCGCCGGAAG > W3110S.gb/2977648‑2977735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |