| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,003,765 | T→C | S226S (TCA→TCG) | ygeV ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,003,765 | 0 | T | C | 79.8% | 263.3 / 57.0 | 129 | S226S (TCA→TCG) | ygeV | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/5); new base C (103/0); total (124/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAATGTTAATGGTC > W3110S.gb/3003731‑3003820 | aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTGCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:2771553/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCAt > 1:2158401/1‑60 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCAt > 1:307672/1‑60 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:838429/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:1506489/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:2060342/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:589795/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:1420561/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:221806/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:834466/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:489789/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:313400/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:108870/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:1049895/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:2486392/1‑61 (MQ=255)aTTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATg > 1:185375/1‑61 (MQ=255) aTGATTAATTCACTTTTATCTTCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:795711/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCATGAAACAATATGTTGCa > 1:1144690/1‑43 (MQ=38) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATAtgttg > 1:2762136/1‑41 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2832822/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2683061/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2903498/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2917155/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:357722/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2829409/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:278628/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:408744/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2669748/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2641070/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2583472/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2527633/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2462220/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2443971/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:603641/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:982725/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:974972/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:956892/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:93319/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:896245/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:884426/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:834105/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:825569/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:785122/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:720223/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:368851/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:595428/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:575669/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:535275/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:50320/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:44813/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2325151/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:405416/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:400751/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:372191/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1496656/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2419330/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1786284/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1781087/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1776831/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1657158/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1638908/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:156561/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1528549/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1515608/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1512454/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1499450/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1836562/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1483286/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1388371/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1370075/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:135435/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1257011/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1143635/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1120293/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1040157/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:103881/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1027022/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2099826/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2380724/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1009233/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:229035/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2257390/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2205128/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2204554/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2107939/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1837794/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2082538/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2073297/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2070121/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:2020533/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1996684/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1989908/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1932023/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:189215/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1885011/1‑43 (MQ=37) aTGATTAATTCACTTTTATCATCCCACGAAACAATATGTTGCa > 1:1850502/1‑43 (MQ=37) gTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAATGTTAATGGTc < 1:2770873/62‑1 (MQ=255) gTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAATGTTAATGGTc < 1:1473657/62‑1 (MQ=255) gTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAATGTTAATGGTc < 1:2359905/62‑1 (MQ=255) gTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAATGTTAATGGTc < 1:2474399/62‑1 (MQ=255) | ATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAATGTTAATGGTC > W3110S.gb/3003731‑3003820 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |