Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,581,466	G→A	A22T (GCG→ACG)	glnG →	fused DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with GlnL, nitrogen regulator I (NRI)

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,581,466	0	G	A	100.0%	80.4 / NA	26	A22T (GCG→ACG)	glnG	fused DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with GlnL, nitrogen regulator I (NRI)
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (26/0);  total (26/0)

GTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTGCGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGT  >  W3110S.gb/3581440‑3581499                           |                                  gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTAcgctcgct                           >  1:1828953/1‑35 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTacgacga  >  1:1878262/1‑59 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2524642/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:993494/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:928288/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:836692/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:831279/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:626726/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:566058/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:516021/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:3225/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2916028/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2801719/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2771779/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2624077/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:1079193/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2400524/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2372570/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2242668/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2140169/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:2128611/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:1637679/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:151615/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:1483380/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTACGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:1121838/1‑60 (MQ=255) gTTCCATCCGTTGGGTACTTGAACGTACGCTCGCTGAGGCAGGTTTAACCTGTACGACGt  >  1:1388423/1‑60 (MQ=255)                           |                                  GTTCCATCCGTTGGGTGCTTGAACGTGCGCTCGCTGGGGCAGGTTTAACCTGTACGACGT  >  W3110S.gb/3581440‑3581499

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑