Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,869,859 T→C P274P (CCT→CCC)  yibH → hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,869,8590TC98.7% 256.6 / ‑6.0 77P274P (CCT→CCC) yibHhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base C (0/76);  minor base A (0/1);  total (0/77)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

ACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTG  >  W3110S.gb/3869847‑3869896
            |                                     
aggTCTGAAAGCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1976203/48‑1 (MQ=25)
aCGTCTGAATCCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1507815/50‑1 (MQ=25)
aCGTCTGAAACCCGGCTATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:563908/50‑1 (MQ=38)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTActg   <  1:1998274/49‑3 (MQ=37)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCtt  <  1:1656561/50‑2 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:252764/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2529925/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2566528/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2584728/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2607459/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2497797/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2666627/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2496227/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2482236/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2433085/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2726749/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2768939/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:282340/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2837683/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2915319/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:31196/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:710903/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:950553/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:913724/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:90674/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:903745/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:858173/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:810011/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:784735/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:725114/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:293695/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:709787/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:707649/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:687242/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:513416/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:440861/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:39223/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:315221/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2204472/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1418122/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1621323/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1618357/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2216547/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1593173/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1582715/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1568302/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1558888/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1534105/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1614796/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1408214/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1351100/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1302263/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:123928/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:122784/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1166462/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1153901/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1707867/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1136578/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2166175/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2165295/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2140960/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2130701/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2078764/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2058843/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2057903/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2001009/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1819289/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1793717/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1749896/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCAGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1420790/50‑1 (MQ=255)
 cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1906479/49‑1 (MQ=255)
 cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:663284/49‑1 (MQ=255)
 cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:2139523/49‑1 (MQ=255)
 cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:1681702/49‑1 (MQ=255)
 cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGAGCTACCTg  <  1:1601083/49‑1 (MQ=25)
     tGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:839251/45‑1 (MQ=255)
        aaCCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg  <  1:764585/42‑1 (MQ=255)
            |                                     
ACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTG  >  W3110S.gb/3869847‑3869896

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑