| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,976,248 | C→T | A150A (GCC→GCT) | gadW → | DNA‑binding transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,976,248 | 0 | C | T | 85.7% | 230.5 / 26.9 | 98 | A150A (GCC→GCT) | gadW | DNA‑binding transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/14); new base T (0/84); total (0/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
AAAGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGA > W3110S.gb/3976216‑3976277 | aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:1402033/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:309925/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:1954876/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:338098/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:1910036/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:2729451/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:2641041/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:833225/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:1008337/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:865646/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:95392/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:1081106/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:905399/62‑1 (MQ=255)aaaGTTGAACGCCTTATTAACTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa < 1:1190631/62‑1 (MQ=255) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2617670/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:299088/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2623188/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2898223/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2895700/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2807583/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2779898/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2775204/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2766636/42‑1 (MQ=38) 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1:1956164/42‑1 (MQ=38) attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:1944786/42‑1 (MQ=38) ttaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc < 1:2380145/41‑1 (MQ=38) | AAAGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGA > W3110S.gb/3976216‑3976277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |