Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,976,248 C→T A150A (GCC→GCT gadW → DNA‑binding transcriptional activator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,976,2480CT85.7% 230.5 / 26.9 98A150A (GCC→GCTgadWDNA‑binding transcriptional activator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/14);  new base T (0/84);  total (0/98)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01

AAAGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGA  >  W3110S.gb/3976216‑3976277
                                |                             
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:1402033/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:309925/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:1954876/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:338098/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:1910036/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:2729451/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:2641041/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:833225/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:1008337/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:865646/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:95392/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:1081106/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:905399/62‑1 (MQ=255)
aaaGTTGAACGCCTTATTAACTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGa  <  1:1190631/62‑1 (MQ=255)
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               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:2895700/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:2807583/42‑1 (MQ=38)
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               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:592492/42‑1 (MQ=38)
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               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:337245/42‑1 (MQ=38)
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               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:533653/42‑1 (MQ=38)
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               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:464561/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:452393/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:437640/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:426496/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:2445907/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1329676/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1839338/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1801576/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1698017/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1652764/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1594761/42‑1 (MQ=38)
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               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:14851/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1460695/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1432943/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1358144/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1339381/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1885416/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1231416/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1222529/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1220394/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1169384/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1144004/42‑1 (MQ=38)
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               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1068842/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1065384/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:1056376/42‑1 (MQ=38)
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               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:2094391/42‑1 (MQ=38)
               attaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:2566831/42‑1 (MQ=38)
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                ttaGCTTTGATATCGCTAAACGTTGGTATCTACGCGATATc       <  1:2380145/41‑1 (MQ=38)
                                |                             
AAAGTTGAACGCCTTATTAGCTTTGATATCGCCAAACGTTGGTATCTGCGCGATATCGCGGA  >  W3110S.gb/3976216‑3976277

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: