| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,160,701 | C→T | S297S (AGC→AGT) | kefB → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,160,701 | 0 | C | T | 91.3% | 352.9 / 17.5 | 126 | S297S (AGC→AGT) | kefB | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/11); new base T (0/115); total (0/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CCCATCTGTTGTGGGTAGTGATAAGCGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATCTGCTG > W3110S.gb/4160676‑4160746 | cccATCTGTTGTGGGTAGTGATAAGCGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCt < 1:2603457/61‑1 (MQ=255)cccATCTGTTGTGGGTAGTGATAAGCGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCt < 1:2920991/61‑1 (MQ=255)cccATCTGTTGTGGGTAGTGATAAGCGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCt < 1:317781/61‑1 (MQ=255) gtgGGTAGTGATAAGCGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctgctg < 1:1000206/61‑1 (MQ=255) gtgGGTAGTGATAAGCGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctgctg < 1:1975133/61‑1 (MQ=255) gtgGGTAGTGATAAGCGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctgctg < 1:2689630/61‑1 (MQ=255) gtgGGTAGTGATAAGCGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctgctg < 1:1624098/61‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCTGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:362085/48‑1 (MQ=39) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:94307/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2852030/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:28157/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2806863/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2747462/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2746371/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:271138/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:909012/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2672384/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:939009/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2659483/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2879853/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:256980/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:253322/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2502208/48‑1 (MQ=255) aTAAGTGTGGTTGTGCTGGTGGCGGTGAAAATTCTCGTGCTGTATctg < 1:2435135/48‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |