Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,332,927	T→C	L371L (CTT→CTC)	yjdA →	conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,332,927	0	T	C	100.0%	85.9 / NA	26	L371L (CTT→CTC)	yjdA	conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (26/0);  total (26/0)

CCCATGCCGCGCTTGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGA  >  W3110S.gb/4332914‑4332950              |                        cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCg   >  1:2189190/1‑36 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCg   >  1:1011507/1‑36 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:2463065/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:987471/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:904168/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:837726/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:770407/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:510086/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:447081/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:375254/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:2912706/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:2906386/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:277328/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:268487/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:2611879/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:2432385/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:2419583/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:1971726/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:1925553/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:188329/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:180526/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:1636123/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:1510217/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:1321718/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:1091838/1‑37 (MQ=255) cccATGCCGCGCTCGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGa  >  1:1042439/1‑37 (MQ=255)              |                        CCCATGCCGCGCTTGGCAGGCGCTGGCGTCATGCCGA  >  W3110S.gb/4332914‑4332950

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑