| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 236,107 | A→C | E14A (GAA→GCA) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 236,107 | 0 | A | C | 90.6% | 965.1 / 50.2 | 298 | E14A (GAA→GCA) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/0); new base C (136/134); total (164/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
TCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATT > W3110S.gb/236048‑236165 | tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:2315478/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:1870246/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:1902266/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:25664/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:2750530/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:2554589/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:2504716/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:36172/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 1:583810/62‑1 (MQ=255)tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa < 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aTTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACt > 1:2839461/1‑61 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:2917764/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:858019/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1183084/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:133747/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:633154/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1479242/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:247026/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:2064433/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:2576574/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1975715/1‑62 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:254566/1‑62 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGTCCACAAGa < 1:1000337/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:1271093/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:742687/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:2535886/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:2459784/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:479020/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:1496288/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:1997442/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:2895032/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:802185/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:1587334/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:1670924/62‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGACACAAGa < 1:2027945/62‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:789194/61‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:318974/61‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:939253/61‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTAACGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:668878/61‑1 (MQ=255) gctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:1164404/3‑58 (MQ=255) gctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:2226152/3‑58 (MQ=255) gctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:1042884/3‑58 (MQ=255) gctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:51736/3‑58 (MQ=255) 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TCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATT > W3110S.gb/236048‑236165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |