| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 312,713 | T→C | intergenic (‑712/‑868) | ykgM ← / → eaeH | predicted ribosomal protein/attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 312,713 | 0 | T | C | 82.7% | 220.5 / 34.4 | 98 | intergenic (‑712/‑868) | ykgM/eaeH | predicted ribosomal protein/attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/17); new base C (81/0); total (81/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
GAGGAGCATATCGCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTG > W3110S.gb/312687‑312760 | gaggagCATATCGCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgtt < 1:884693/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1181829/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:2516477/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:50785/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:504336/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1983109/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1256973/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:2428707/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1211187/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1206070/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1694265/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:674607/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1114574/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1110841/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:2140391/62‑1 (MQ=255) gCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:1506291/62‑1 (MQ=255) cATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTg < 1:522933/61‑1 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2607646/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2491103/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2705769/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2750026/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:275968/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2776757/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2815942/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2585411/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2575821/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2551964/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2249707/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:246848/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2397044/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2328083/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2308320/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2285213/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2061384/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:732416/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:983/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:977531/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:928115/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:860670/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:843728/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:828073/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:814903/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:784589/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:734317/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:329941/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:72600/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:704906/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:631544/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:571556/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:548250/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:513289/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:381330/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:363001/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:359076/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:134476/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1689932/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1686785/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1680618/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1555909/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1549346/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1529352/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1504755/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1423657/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1372563/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1368002/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2195045/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1323097/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1290537/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1212297/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:119892/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1165741/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1122587/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1122425/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1097690/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1077707/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1062141/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1887179/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2241165/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2078774/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1056396/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2057901/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:2017175/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1952231/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1948973/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:193918/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1931750/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1931534/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1869404/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1836529/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1789718/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1787344/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1766890/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1756511/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1751825/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1727642/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1704335/1‑46 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCgttg > 1:430630/1‑45 (MQ=255) catcgtAACGTCGTATCTCCTGCGGTGTTATACAAGATATCgttgt > 1:1807720/1‑46 (MQ=37) | GAGGAGCATATCGCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTG > W3110S.gb/312687‑312760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |