Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	35,395	C→T	P292P (CCG→CCA)	caiD ←	crotonobetainyl CoA hydratase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	35,395	0	C	T	75.4%	114.2 / 38.4	69	P292P (CCG→CCA)	caiD	crotonobetainyl CoA hydratase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/17);  new base T (0/52);  total (0/69)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGC  >  W3110S.gb/35339‑35418                                                         |                        cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:409426/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2167676/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2243465/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2287995/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2333621/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2461933/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2571729/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2745580/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2753813/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2818706/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:282417/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2868857/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:381317/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:396059/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1081069/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:426176/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:523405/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:533594/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:600700/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:671660/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:808724/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:82870/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:839453/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:853249/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:953842/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:96226/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:98313/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:99023/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2046083/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1097315/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1149849/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1352483/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1390994/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1425790/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1643636/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1681671/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1714034/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1729280/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1772637/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1796232/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:185028/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1851488/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1931926/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1901526/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:198233/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2005978/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2045224/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:202295/62‑1 (MQ=255) cGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCAAGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:615605/62‑1 (MQ=255)  ggAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:1769246/61‑1 (MQ=255)  ggAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:2405419/61‑1 (MQ=255)  ggAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACTGGATc                    <  1:708615/61‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:1056606/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:211372/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:219101/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:1199351/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:896853/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:829085/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:1469823/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:1638156/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:2289992/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:2304676/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:1705668/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:2445693/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:2461297/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:282017/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:279884/62‑1 (MQ=255)                   ggCGTAATAGCTCACGGTGGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:1373601/62‑1 (MQ=255)                    gCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGc  <  1:227493/61‑1 (MQ=255)                                                         |                        CGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGC  >  W3110S.gb/35339‑35418

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑