| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 502,566 | A→G | intergenic (‑104/+134) | ybaL ← / ← fsr | predicted transporter with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain/predicted fosmidomycin efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 502,566 | 0 | A | G | 79.2% | 92.6 / 17.4 | 48 | intergenic (‑104/+134) | ybaL/fsr | predicted transporter with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain/predicted fosmidomycin efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/0); new base G (0/38); total (10/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAA > W3110S.gb/502536‑502603 | cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2752189/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2095261/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2296339/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2406466/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2407421/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2432408/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2586332/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2624058/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2708330/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2711293/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1055758/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2754669/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2848540/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2895755/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:319395/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:347345/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:470577/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:474278/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:725367/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:948260/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1662518/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1003812/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1066962/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1212997/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1300028/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1553059/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1596592/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1750565/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1771247/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1803831/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1842352/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1869948/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1883011/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1902046/41‑1 (MQ=37)cAATTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1886456/41‑1 (MQ=37) aaTTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2586217/40‑1 (MQ=37) aaTTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:1489508/40‑1 (MQ=37) aaTTTCATTGATGATGTTTATGAATAATTGTTGAATTTTg < 1:2112275/40‑1 (MQ=37) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:2042510/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:1805204/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:690773/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:1131972/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:40000/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:1241443/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:324190/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:2124696/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:2763894/1‑42 (MQ=255) aatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCaaaaaa > 1:1993566/1‑42 (MQ=255) | CAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAA > W3110S.gb/502536‑502603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |