Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	564,423	C→T	R260H (CGT→CAT)	intD ←	predicted integrase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	564,423	0	C	T	98.4%	206.1 / ‑5.4	63	R260H (CGT→CAT)	intD	predicted integrase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/1);  new base T (62/0);  total (62/1)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCG  >  W3110S.gb/564392‑564453                                |                               cacCCATTTGTGATTCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAgcg  <  1:420695/62‑1 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTAt           >  1:1193394/1‑47 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2649125/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2858113/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2839579/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2836503/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2814193/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2730096/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:26944/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:267643/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2895809/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2646991/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2623888/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2621918/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2554360/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2418267/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2383869/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2878235/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:235897/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:376450/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:408675/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:452995/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:673739/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:694103/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:696197/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:779892/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:806843/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:813638/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:826525/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:855243/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:857025/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:86665/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1753059/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1016532/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1039053/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1049702/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1082481/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1097899/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:114310/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1228390/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1271112/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1305474/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1408242/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1514186/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1626937/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1667798/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1711705/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1015945/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:180080/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1812432/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:1866827/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2018601/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2030783/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:204138/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:209566/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2140395/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2152702/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2246740/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2266799/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2321528/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2330394/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATGCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:2331473/1‑50 (MQ=255)       tttGTGATGCTTGCCTGTTTGATCATCCAGCACTTTAGAGGCGGTATCGt        >  1:427169/1‑50 (MQ=255)                                |                               CACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCG  >  W3110S.gb/564392‑564453

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑