Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,475,396	2 bp→GC	pseudogene (8291‑8292/8622 nt) pseudogene (2993‑2994/3324 nt)	ydbA → ydbA →	ECK1398:JW5802+JW1402:b4492; predicted outer membrane protein ECK1398:JW1402:b1405; predicted outer membrane protein, C‑ter fragment

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,475,396	0	A	G	100.0%	217.8 / NA	64	pseudogene (8291/8622 nt) pseudogene (2993/3324 nt)	ydbA ydbA	ECK1398:JW5802+JW1402:b4492; predicted outer membrane protein ECK1398:JW1402:b1405; predicted outer membrane protein, C‑ter fragment
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (64/0);  total (64/0)
*	W3110S.gb	1,475,397	0	T	C	100.0%	219.0 / NA	64	pseudogene (8292/8622 nt) pseudogene (2994/3324 nt)	ydbA ydbA	ECK1398:JW5802+JW1402:b4492; predicted outer membrane protein ECK1398:JW1402:b1405; predicted outer membrane protein, C‑ter fragment
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (64/0);  total (64/0)

GAAGGTGGCTATCAGGAGCGCAATGCCGGAGACTTTAACCTGAATATGAACAGT  >  W3110S.gb/1475353‑1475406                                            ||          gAAGGTGGCTATCAGGCACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAg   >  1:2152295/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCATTGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:845271/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTTAGCATGAACAgc  >  1:2368471/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2689650/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:377653/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:375110/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:333920/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:329096/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:281120/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2801446/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2800014/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:422182/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2670760/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2578889/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2542570/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2494183/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2479066/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:400952/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2409091/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:443120/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:457005/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:483100/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:483310/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:545340/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:547206/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:653385/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:672147/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:708649/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:789918/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:811367/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:820728/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:850636/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:942867/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1678980/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1056742/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1062232/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1143650/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1163583/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1201748/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1213929/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1249723/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1251716/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1267993/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1356310/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1363074/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1386242/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1420922/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1548912/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1639329/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2466674/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1743972/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1807781/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1979772/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2025735/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2082395/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2099734/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:210078/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2126632/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2179874/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2211379/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2225915/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2304528/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:2321665/1‑53 (MQ=255) gAAGGTGGCTATCAGGAACGCAATGCGGGTGACTTTAACCTGAGCATGAACAgc  >  1:1015573/1‑53 (MQ=255)                                            ||          GAAGGTGGCTATCAGGAGCGCAATGCCGGAGACTTTAACCTGAATATGAACAGT  >  W3110S.gb/1475353‑1475406

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑