Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,793,199	(CTG)2→1	intergenic (+87/‑49)	uhpC → / → uhpT	membrane protein regulates uhpT expression/hexose phosphate transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,793,194	0	T	.	100.0%	242.1 / NA	57	intergenic (+82/‑56)	uhpC/uhpT	membrane protein regulates uhpT expression/hexose phosphate transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base . (57/0);  total (57/0)
*	W3110S.gb	3,793,195	0	G	.	100.0%	242.1 / NA	57	intergenic (+83/‑55)	uhpC/uhpT	membrane protein regulates uhpT expression/hexose phosphate transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base . (57/0);  total (57/0)
*	W3110S.gb	3,793,196	0	C	.	98.2%	233.7 / ‑1.7	57	intergenic (+84/‑54)	uhpC/uhpT	membrane protein regulates uhpT expression/hexose phosphate transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (1/0);  new base . (56/0);  total (57/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGACGCTATCTCAGGCCTGATTTGCTGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAT  >  W3110S.gb/3793172‑3793235                       |||                                        gtaCGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:1080202/3‑61 (MQ=255) ggACTCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:1407168/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑C‑GCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:604914/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGc            >  1:400766/1‑51 (MQ=37) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:284613/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:245191/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:364838/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:366906/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:37451/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:382303/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:385487/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:404252/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:441989/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:476585/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:530735/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:530866/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:536827/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:641532/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:645124/1‑61 (MQ=255) 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ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:1535968/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:1544066/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:1573222/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:1584007/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:1593685/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAt  >  1:1638428/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTAAt  >  1:604500/1‑61 (MQ=255) ggACGCTATCTCAGGCCTGATT‑‑‑TGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATCCAt  >  1:957987/1‑61 (MQ=255)                       |||                                        GGACGCTATCTCAGGCCTGATTTGCTGCTGATTTTTACAATGCATGCCTCACGCAGGTATTCAT  >  W3110S.gb/3793172‑3793235

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑