Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,544,265 (T)7→6 intergenic (‑82/‑1374) yjhA ← / → fimB N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,544,2590T.100.0% 352.2 / NA 82intergenic (‑76/‑1380)yjhA/fimBN‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base . (0/82);  total (0/82)

ATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGC  >  W3110S.gb/4544236‑4544298
                       |                                       
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aTTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACGGGTAGc  <  1:612744/62‑1 (MQ=255)
aTTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACGGGTAGc  <  1:605398/62‑1 (MQ=255)
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aTTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACGGGTAGc  <  1:582556/62‑1 (MQ=255)
aTTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACGGGTAGc  <  1:538768/62‑1 (MQ=255)
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aTTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACGGGTAGc  <  1:465517/62‑1 (MQ=255)
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  tAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACGGGTAGc  <  1:166079/60‑1 (MQ=255)
      aTTTATGTTGTGTAATATTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACGGGTAGc  <  1:287014/56‑1 (MQ=255)
           tgttgtGTAATATTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACGGGTAGc  <  1:1548664/51‑1 (MQ=255)
                       |                                       
ATTAGCATTTATGTTGTGTAATATTTTTTTGCCAGGCTTATAGTGTCTTTGGCAACCGGTAGC  >  W3110S.gb/4544236‑4544298

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: