Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,771,918	+C	coding (778/1215 nt)	yidR →	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,771,915	1	.	C	100.0%	32.3 / NA	13	T259P (ACC→CCC)	yidR	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base C (0/13);  total (0/13)

CAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAA‑CCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGCGTCGT  >  W3110S.gb/3771883‑3771943                                  |                             cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:1088387/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:1224411/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:1529877/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:299044/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:524001/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:52841/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:738457/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:746482/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:749277/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:908662/62‑1 (MQ=255) cAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:99763/62‑1 (MQ=255)  aGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:1498746/61‑1 (MQ=255)  aGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAACCCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGcgtcgt  <  1:1603997/61‑1 (MQ=255)                                  |                             CAGGTGATGCGCCGTTAAGCGGAACGGAAACAA‑CCCTGCCCGCGCCACCGCGTGGCGTCGT  >  W3110S.gb/3771883‑3771943

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑