Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,938,087	+C	coding (539/1005 nt)	dppF →	dipeptide transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,938,084	1	.	C	100.0%	106.7 / NA	38	D179A (GAC→GCC)	dppF	dipeptide transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base C (0/38);  total (0/38)

TCGCCATCGCCCGTGGTCTGATGCTCGA‑CCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTC  >  W3110S.gb/3938057‑3938117                             |                                  tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTTATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1397564/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:35957/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1599239/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1066541/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:23733/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:270313/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:289675/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:304760/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:324778/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:237191/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:419321/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:477553/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:598974/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:603327/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:687265/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:871292/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:903828/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:965244/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1207959/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1112005/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1165839/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1167198/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:117475/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1182342/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1194054/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1590665/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1257766/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1292044/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:13630/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1429603/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1437526/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1448986/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:145793/62‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:1482263/62‑1 (MQ=255)  cgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAAGCGGTTTc  <  1:602955/61‑1 (MQ=255)  cgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:607536/61‑1 (MQ=255)  cgccatcgccCGTGGTCTGATGCTCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:255428/61‑1 (MQ=255)                gTCTGATGCGCGACCCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTc  <  1:605450/47‑1 (MQ=37)                             |                                  TCGCCATCGCCCGTGGTCTGATGCTCGA‑CCCGGATGTGGTGATTGCCGATGAACCGGTTTC  >  W3110S.gb/3938057‑3938117

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑