| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,580,359 | +A | pseudogene (1543/2721 nt) | yjiV → | ECK4334:JW5954:b4486; conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,580,355 | 1 | . | A | 78.8% | 174.6 / 54.0 | 80 | pseudogene (1539/2721 nt) | yjiV | ECK4334:JW5954:b4486; conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (15/2); new base A (0/63); total (15/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCT > W3110S.gb/4580316‑4580396 | ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑aaa > 1:740316/1‑43 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:1305054/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:158934/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:588311/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:1595247/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:500123/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:1370206/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:676369/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:1322138/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:706246/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:881297/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:95443/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:223145/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:878316/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:1027493/1‑60 (MQ=255)ttCTTTAATCACGGATGCCTGGATTTGCCCGGTAACCAAT‑AAAA‑TCCTGGATACGGCttt > 1:178135/1‑60 (MQ=255) ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt < 1:402877/62‑1 (MQ=255) ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt < 1:311134/62‑1 (MQ=255) ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt < 1:41532/62‑1 (MQ=255) ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt < 1:397361/62‑1 (MQ=255) ggATTTGCCCGGTAACCAATAAAAA‑TCCTGGATACGGCTTTTAAAGGCTTAACCCCTTATCt < 1:497980/62‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |