Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3290549	3290857	309	83 [0]	[0] 15	yraJ	predicted outer membrane protein

GGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCT  >  W3110S.gb/3290487‑3290548                                                              | gggcGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:286441/59‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTCGCCt  <  1:248373/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:246788/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:456652/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:440175/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:418822/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:400677/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:365807/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:351572/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:297352/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:532690/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:238201/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:192610/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:172604/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1651375/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1647677/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1639102/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1054226/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1626493/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:748629/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:992587/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:957066/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:949444/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:895753/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:788974/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:788699/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:773405/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:760751/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:752241/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1634100/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:744574/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:698421/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:694562/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:687742/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:622219/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:603342/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:602238/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:575878/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1216431/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1337622/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1313661/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1606141/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:130458/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1291081/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1283917/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1268029/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1243455/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:121746/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:131216/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:12132/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1196638/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1185921/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1177591/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1147734/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1128911/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1127119/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1094007/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1078306/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1458882/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1562309/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1529100/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1562943/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1485526/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1566097/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1585110/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1453954/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1425594/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1415139/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1385640/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1352294/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1376476/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1363282/62‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGTCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1575164/61‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1622072/61‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:807920/61‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1148740/61‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:189126/61‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:695320/61‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1467611/61‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:625402/61‑1 (MQ=255)  gTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:569049/61‑1 (MQ=255)        tGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCt  <  1:1204722/55‑1 (MQ=255)          aGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGACt  <  1:199823/53‑1 (MQ=255)                                                              | GGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCT  >  W3110S.gb/3290487‑3290548

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑