Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3312093	3312236	144	54 [0]	[0] 35	truB	tRNA pseudouridine synthase

CATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCG  >  W3110S.gb/3312044‑3312092                                                 | cATGCGCGCGACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:888439/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:572919/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:224080/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1000978/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:237346/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:242601/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:24566/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:301436/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:38214/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:384005/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:391011/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:438195/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:491662/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:541306/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:229743/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:592806/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:610639/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:758844/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:787075/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:830295/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:859647/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:882271/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:890164/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:923128/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:992689/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1288558/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1011957/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1026928/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1028834/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:103656/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1081944/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:108668/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1155903/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1160888/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1189907/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1198536/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1214400/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1267629/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:206865/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1402792/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1408497/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1435629/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:144737/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1484102/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1488063/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1494593/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:1580679/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:179138/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:190764/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTACg  >  1:461155/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGAAGGTGCg  >  1:248234/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGGCATCAATGATGGTGCg  >  1:1039419/1‑49 (MQ=255) cATGCGCGCCACAGCCGAG‑TTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:812622/1‑48 (MQ=39) cATGCGCG‑CACAGCCGAGTTTTTCACACAGGTCATCAATGATGGTGCg  >  1:308550/1‑48 (MQ=38)                                                 | CATGCGCGCCACAGCCGAGTTTTTCACCCAGGTCATCAATGATGGTGCG  >  W3110S.gb/3312044‑3312092

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑